Zadawanie człowiekowi dolegliwości zawsze domagało się usprawiedliwienia. Dlatego zawsze poszukiwano specjalnego usprawiedliwienia kary zarówno jako ogólnej praktyki prawnej i społecznej, jak i jako jednostkowego aktu konkretnego działania. Usprawiedliwienie kary, choć swoiste, nawiązuje do ogólnych podstaw aksjologicznych społeczeństwa, do refleksji na temat dobra i zła, moralności, racjonalności, słuszności, do wizji człowieka i ładu społecznego. Dlatego refleksja na temat kary, w tym szczególnie kary kryminalnej ogniskuje w sobie wiele kwestii ogólnych dotyczących pytań o człowieka i społeczeństwo. Z tego też względu rozważania na jej temat pojawiały się od czasów najdawniejszych w religii, a także w pismach filozofów i wypowiedziach ludzi sztuki. Natomiast systematyczne badania penologiczne rozwijały się w związku z próbami reform systemu prawa karnego i wykonania kar podejmowanymi od XVIII wieku. Reformatorzy dążyli do zastąpienia praktyki penalnej usprawiedliwianej retoryką odwetową, racjonalnymi ideałami resocjalizacji i prewencji antyprzestępczej. Postulowane i wprowadzane przez nich zmiany miały służyć oparciu na tych światłych założeniach racjonalnie opracowanej, kompleksowej polityki kryminalnej i penitencjarnej. Pisma osiemnastowiecznych reformatorów prawa karnego i więziennictwa, Cesarego Beccarii, Johna Howarda czy Jeremiego Benthama, żeby wymienić postacie o charakterze symbolicznym, miały w istocie właśnie charakter społeczno-filozoficznych studiów penologicznych, choć sama nazwa jeszcze nie była stosowana. Dopiero później górę nad reformatorskimi rozważaniami o charakterze społeczno-filozoficznym zaczęły brać prace o charakterze dogmatycznym. Rozwój współczesnej dogmatyki, która dla równowagi badań wymuszała wyodrębnienie studiów społecznych kary, czyli późniejszej penologii, wiąże się szczególnie z pracami Anzelma Feuerbacha z przełomu XVIII i XIX wieku. Ponadto na kształtowanie się penologii jako odrębnej dziedziny dociekań i wykładu wpływ wywarły praktyczne rozważania na temat organizacji wykonania kary pozbawienia wolności. Prowadzono je w ramach badań więzienioznawczych rozwijanych od początku XIX wieku oraz studiów rodzących się wtedy koncepcji praktycznych programów oddziaływania na skazanych (określanych później zbiorczym pojęciem nauk penitencjarnych). Można powiedzieć, że współcześnie tak jak w Starożytności (np. w pismach Platona i Arystotelesa) rozważania o charakterze społecznym, filozoficznym na temat kary poprzedzały rozważania praktyczne na temat prawa karnego oraz procedury i rytuałów wykonania kary. Jednak mimo tego historycznego pierwszeństwa nauki o karze jako zjawisku społecznym i problemie filozoficznym wyodrębnienie penologii jako dziedziny badań i wykładu nastąpiło dopiero w związku z wykształceniem się specjalistycznych rozważań z zakresu dogmatyki prawa karnego i zorientowanych praktycznie studiów penitencjarnych. Dopiero rozwinięcie się oraz instytucjonalizacja samej nauki prawa karnego (dogmatycznego) i profesjonalizacja wykonania kary (więzienia) wraz z poddaniem tego procesu, choćby ograniczonej kontroli nauki, wymusiły rozwój penologii jako przedmiotu badań i wykładu. Od tej pory badania kary jako zjawiska społecznego i problemu filozoficznego nie miały już być prowadzone przede wszystkim jako przyczynek do ogólnych rozważań społecznych, filozoficznych i prawnych. Studia w tym zakresie umieszczano coraz częściej w kontekście potrzeb nowoczesnej nauki prawa karnego i systemu penitencjarnego. Nowoczesna nauka prawa karnego, w tym także rodząca się w XIX wieku polityka kryminalna i penitencjarystyka domagały się mocnych podstaw teoretycznych w ramach zasobów wiedzy z zakresu instytucjonalizowanych wtedy na uniwersytetach nauk społecznych, prawnych i humanistyki. Wiedzy tej w ramach wykładów i publikowanych badań dostarczała im w pewnym stopniu penologia, lepiej lub gorzej wyodrębniana od mniej więcej połowy XIX wieku z wykładu prawa karnego dogmatycznego i nauk o więziennictwie.
Jednak już od końca XIX wieku wpływ penologii na prawo karne podlegał pewnemu ograniczeniu spowodowanemu szybkim rozwojem pozytywistycznych studiów etiologii i fenomenologii przestępczości: antropologii kryminalnej i kryminologii. Nauki te niezależnie od istotnego wpływu na funkcjonowanie wymiaru sprawiedliwości i działanie jego poszczególnych instytucji, w tym rozwój form organizacyjnych kary, podważały same podstawy ideowe i racjonalność dyskursu na temat kary kryminalnej, a więc i tożsamość penologii. Ich znaczenie rosło w okresie międzywojennym, można mówić o ich dominacji w trzech dekadach po II wojnie światowej. Stan ten wyraźnie niekorzystnie wpłynął na rozwój penologii. Osłabienie w latach 70 tych XX wieku dominacji paradygmatu pozytywizmu odbiło się na stanie polityki kryminalnej i penitencjarnej pozbawionych poważnych podstaw naukowych. Od tego czasu nauki penalne, zdaniem wielu teoretyków, znajdują się w poważnym kryzysie poznawczym i politycznym, tracąc jednoznacznie określony legitymizm. Ten stan rzeczy stał się także przesłanką wzmożenia od końca XX wieku badań i refleksji penologicznej.
W Polsce pierwszy podręcznik prawa karnego opracowany na Uniwersytecie Warszawskim przez Romualda Hubego w 1830 roku traktował kwestię kary kryminalnej z perspektywy penologicznej, a więc jako instytucję społeczną (więzienie). Podstawy jej usprawiedliwienia i wymiaru łączył w eklektyczny sposób z interpretowaną w duchu katolickim heglowską, dialektyczną nauką o naturze życia społecznego i o państwie łączonymi z rozważaniami praktycznymi o polityce karnej i penitencjarnej w duchu Cesarego Beccarii i Johna Howarda. W późniejszym okresie wielu wybitnych polskich uczonych uwzględniało zagadnienia penologiczne w swoich wykładach prawa karnego. Można tu wymienić takich uczonych jak profesor Szkoły Głównej Stanisław Budziński (znany też w humanistyce jako tłumacz m.in. twórczości Goethego, Schillera, Puszkina i Lermontowa), Wacław Makowski profesor Uniwersytetu Warszawskiego i Senator II RP. Jednak przede wszystkim należy wspomnieć uznawanego za najważniejszego polskiego przedstawiciela dwudziestowiecznej nauki prawa karnego Juliusza Makarewicza, głównego współtwórcę polskiego kodeksu karnego z 1932 roku (zwanego czasem Lex Makarewicz). Makarewicz napisał pracę o charakterze penologicznym z zakresu antropologiczno-historycznej genezy instytucji prawa karnego Einführung in die Philosophie des Strafrechts auf Entwicklungsgeschichtlicher Grundlage, która została wydana w Stuttgarcie w 1906 roku. Jej tłumaczenie na język polski zostało wydane dopiero w 2010 r., po przeszło stu latach od pierwszego, niemieckiego wydania. Czasami od daty pierwszego wydania tego studium penologicznego liczy się rozwój samodzielnej, współczesnej penologii w Polsce.
W literaturze angielskiej początki penologii jako dyscypliny naukowej wiąże się z dwiema odrębnymi tendencjami. Po pierwsze wpływ na jej rozwój przypisuje się nurtowi reformatorskiej, humanitarnej myśli penitencjarnej motywowanej religijnie, której czołowym przedstawicielem był John Howard. Po drugie łączy się jej powstanie z rozwojem nowoczesnej polityki kryminalnej i penitencjarnej opartej na liberalnym utylitaryźmie dążącym do stworzenia podstaw racjonalnego w sensie społecznym i ekonomicznym zarządzania społeczeństwem. W powszechnej opinii najwybitniejszym przedstawicielem tego nurtu był Jeremy Bentham. W Niemczech natomiast genezę penologii wiąże się z jednej strony z dziewiętnastowiecznym programem reform więziennych, z drugiej z rozwijanym w tym czasie prawno karnym, antropologicznym i historycznym badaniem genezy instytucji prawa karnego, przede wszystkim różnych form organizacyjnych kary, z karą więzienia na czele.
Nazwa penologia pojawiła się w literaturze naukowej w pierwszej połowie XIX wieku (nie później niż w 1838 r.). Rozważania na temat kary o charakterze społeczno-filozoficznym i humanistycznym wykazywały wyraźną autonomi ę przedmiotową i metodologiczną zarówno wobec dogmatyki prawa jak i wobec praktycznych studiów więzienioznawczych. Ten stan rzeczy powodował, że na użytek przedmiotu badań, kary jako zjawiska społecznego, jak i związanego z nim wykładu akademickiego coraz częściej wyodrębniano pod pojęciem penologii różnie dookreślane społeczno-filozoficzne studia kary kryminalnej. W niektórych krajach miały one większy związek z reformami penitencjarnymi (np. Anglia), w innych, jak Polska, łączyły się przede wszystkim z wykładem prawa karnego mocno osadzonym w kontekście społeczno-historyczno-filozoficznym. W Niemczech natomiast miały charakter pośredni wiążąc się szczególnie z historią instytucji karnych zarówno prawa karnego materialnego jak i więzienia. Niezależnie od pewnych zróżnicowań akcentów wyraźnie następowało wyodrębnienie przedmiotu badań penologii – kary kryminalnej jako instytucji społecznej i jej płaszczyzn badawczych (określających też podstawy metodologiczne): historycznej, socjologicznej, prawnej, filozoficznej i penitencjarnej. Gdy badania kary kryminalnej dotyczyły instytucji społecznej z perspektywy historyczno-społecznej lub filozoficzno-społecznej czy socjologiczno, penitencjarno-prawnej, określano je jako studia o charakterze penologicznym. Sprawą wtórną i mniej ważną dla tożsamości dyscypliny był punkt wyjścia tych rozważań, czy były nim teoretyczne uogólnienia reform więziennych czy społeczno-filozoficzne uogólnienia związane z rozwojem instytucji kary i zasad odpowiedzialności karnej i wymiaru kary w prawie karnym materialnym. Sam wykład penologii mógł bowiem podlegać dalszemu dookreślaniu przedmiotowemu zależnie od kierunku myśli badawczej. Nabierał w ramach różnych nachyleń badawczych charakteru teoretycznego, społeczno-filozoficznego studium pojęcia kary, socjologicznej analizy instytucji wymiaru sprawiedliwości, historii idei penalnych i instytucji prawa karnego, czy wykładu teoretycznych podstaw określonych form organizacyjnych kary i pomiaru ich skuteczności w aspekcie socjo-kryminologicznym i penitencjarno-pedagogicznym. Także historycznie rzecz biorąc zakres i formy instytucjonalizacji przedmiotów penologicznych w postaci odrębnych od prawa karnego i nauki o więziennictwie wykładów i publikacji pozostawał różny i nie przebiegał równomiernie we wszystkich krajach zachodnich.
Studia o charakterze penologicznym zawarte były w wielu polskich opracowaniach z zakresu prawa karnego począwszy od wspomnianego, pierwszego polskiego systematycznego wykładu prawa karnego R. Hubego. Jednak sama nazwa 'penologia' została ostatecznie przyjęta w polskiej nauce prawa karnego na określenie badań kary jako zjawiska społecznego dopiero przez Bronisława Wróblewskiego, który w 1926 roku wydał w Wilnie dwutomowe dzieło pt. „Penologja. Socjologja kar”.

Franz von List uznawany za twórcę i jednego z najważniejszych przedstawicieli socjologicznej szkoły prawa karnego (przełom XIX i XX wieku) twierdził, że przedmiotem penologii jest ustalenie, czym jest kara kryminalna, jak odróżnia się od innych środków kontroli społecznej. W podobny sposób ujmował przedmiot penologii Bronisław Wróblewski. Według nich, zadaniem penologii jest ustalenie rzeczywistego, społecznie wymiernego charakteru sankcji określanych mianem kary kryminalnej, a nie jedynie badanie logiczno językowej, systemowej i celowościowej wykładni przepisów, które ich dotyczą. Penologia odróżnia się więc od nauki prawa karnego materialnego i prawa karnego procesowego i wykonawczego tym, że nie jest nauką dogmatyczną o normach prawnych. Normatywne aspekty kary kryminalnej są w penologii obecne, ale w penologicznych badaniach normatywnych i językowych nad aspektem czysto dogmatycznej analizy przepisów prawa dominuje analityczne badanie języka na użytek dalszych studiów kary jako zjawiska społecznego (filozofia analityczna) instytucjonalizowanego w przepisach prawa. Dopiero na ostatnim etapie badań penologia łączy się z nauką prawa karnego materialnego, procesowego i wykonawczego uwzględniając wyniki analiz prowadzonych w ramach dogmatyki prawa karnego. Penologia jest zatem pomocniczą dyscypliną nauki prawa karnego (trzon nauk penalnych stanowią studia dogmatyczne), ale ma jednocześnie dla prawa karnego podstawowe znaczenie, ponieważ określa jego podstawy. Są to:

1. • Po pierwsze podstawy ontologiczne, czyli związane z rzeczywistym bytem (działaniem) instytucji kary kryminalnej i całego prawa karnego w różnych płaszczyznach tj., normatywnej, socjologicznej, psychologicznej, historycznej, kulturowej, ekonomicznej;
2. • Po drugie podstawy aksjologiczne, czyli związane z uzasadnieniem kary kryminalnej i całego prawa karnego w świecie wartości i w związku z tym pośrednio także z ich politycznym legitymizmem;
3. • Po trzecie podstawy epistemologiczne, czyli związane z badaniem kary kryminalnej i prawa karnego z użyciem różnych metod naukowych.

Penologia stara się podać z przyjętej przez siebie perspektywy całościowe uzasadnienie i opis systemu karania łącząc wątki epistemologiczne, ontologiczne i aksjologiczne.
Podstawą uformowania się myśli penologicznej była pewna ogólna wizja społeczna kary i jej różnych form, w szczególności więzienia. Początkowo, to znaczy w XIX wieku, łączono zaangażowanie ideowe i rozważania ogólne o charakterze społeczno-filozoficznym ze szczegółowymi badaniami penitencjarnymi. Stopniowy rozwój i profesjonalizacja poszczególnych etapów wykonania kary prowadziły do rozwijania bardziej specjalistycznych badań na temat poszczególnych aspektów karania. W ten sposób następował zarówno podział horyzontalny – na przykład, na pedagogikę i psychologię penitencjarną oraz politykę i naukę prawa penitencjarnego, jak i rozdział wertykalny – na myśl ogólną związaną ze społecznym procesem karania (penologię) i na nauki zajmujące się wybranymi aspektami profesjonalnego wykonania kar (nauki penitencjarne). O ile nauki penitencjarne zalicza się trafnie do zbioru nauk kryminologicznych, studia z zakresu penologii są bliższe bezpośrednio filozofii prawa karnego, rozważaniom na temat najogólniejszych podstaw kary kryminalnej w jej uwarunkowaniach kulturowo-społecznych, historycznych i filozoficznych. W tym sensie penologia stanowi samodzielną subdyscyplinę nauki prawa karnego. Penologia jest więc interdyscyplinarnym podejściem do określonego przedmiotu: kary kryminalnej jako zjawiska społecznego.
Na wzór anglosaski w niektórych opracowaniach polskich traktuje się penologię jako subdyscyplinę kryminologii. Jest to sprzeczne z polską tradycją rozwoju studiów penologicznych, ale argument z tradycji nie może rozstrzygać kwestii merytorycznych. Można powiedzieć, że w niektórych opracowaniach zakres penologii zaczęto mieszać z zakresem szczegółowych badań wykonywania poszczególnych sankcji penalnych, co jest w Polsce przedmiotem studiów z zakresu różnie dookreślanych nauk penitencjarnych (w tym prawa i polityki penitencjarnej). To pomieszanie penologii z kryminologią i penitencjarystyką należy wiązać z okresem dominacji pozytywistycznej szkoły nauk społecznych w kryminologii, której towarzyszył kryzys filozofii kary w nauce prawa karnego trwający od początku XX wieku do mniej więcej przełomu lat 70. i 80. XX wieku. Zamiast rozwijać teorię kary zajmowano się krytyką podstaw prawa karnego poszukując alternatywnych form radzenia sobie ze zjawiskami społecznymi określanymi w prawie karnym jako przestępstwa. Rozwijano więc szczegółowe badania penitencjarne potrzebne dla praktycznego wykonywania różnych form organizacyjnych kar oraz studia empiryczne z zakresu polityki kryminalnej i kryminologii. Jednocześnie zaniedbywano refleksję na temat ich teoretycznych podstaw w nauce prawa karnego, bo przyjmowano, że podstawy te miały się znajdować poza zasięgiem nauk penalnych. Należy zaznaczyć, że współcześnie powrót w literaturze światowej do rozważań z zakresu penologii i filozofii kary nie wiąże się wcale z odkryciem nowych, przekonujących racjonalizacji kary jako instytucji społecznej i prawnej. Jest raczej wynikiem konstatacji, że kara kryminalna jest ważną instytucją życia społecznego i trudno w świetle realiów społecznych mówić o jej schyłku. Kara kryminalna jako centralna kategoria (instytucja) prawa karnego pozostaje ciągle niezwykle ważną formą ingerencji w prawa i wolności człowieka, a jednocześnie nie ma niekwestionowanych uzasadnień teoretycznych i umocowania aksjologicznego dla jej stosowania. Dlatego kara może być współcześnie określona jako instytucja tragiczna. Jej tragiczność polega na tym, że choć niezbyt skuteczna, wydaje się konieczna dla zwalczania przestępczości oraz na tym, że choć od dawna budzi zasadnicze obiekcje moralne (jako intencjonalne zadawanie dolegliwości człowiekowi), to właśnie ideały moralno-sprawiedliwościowe są najczęściej przywoływane w celu jej utrzymania. W praktyce powrót do penologii, której towarzyszy współcześnie świadomość tragiczności kary, wiąże się z poszukiwaniem tam gdzie stan stosunków społecznych, politycznych i wrażliwość sumienia na to pozwalają alternatywy dla kary kryminalnej. W tym sensie nie ma sprzeczności między rozwojem studiów z zakresu sprawiedliwości naprawczej, badaniami mediacji czy nawet myślą i ruchem abolicjonistycznym, a refleksją penologiczną, która dla tych tendencji może stwarzać mocne podstawy naukowe. W innych, licznych przypadkach, rozwój penologii sprzyja staraniom o bardziej humanitarne oblicze kary, na przykład rozwój form wolnościowych kary kryminalnej lub też cywilizowanie sposobów wykonania kary pozbawienia wolności (rozwój międzynarodowych reguł więziennych). Jest to tym ważniejsze, że historycznie rzecz biorąc nieprzemyślane odejście od instytucji kary kryminalnej może prowadzić do zwiększenia, a nie do zmniejszenia zakresu i intensywności represji, czego spektakularnym przykładem dla świata stał się obóz w Guantanamo.
Należy zwrócić uwagę, że problem miejsca penologii wśród innych nauk penalnych jako odrębnej dyscypliny i związane z tym określenie zakresu jej zainteresowań ma istotne znaczenie naukowe i dydaktyczne. Problemem dla nauki i dydaktyki nie jest rzecz jasna samo posługiwanie się lub nie terminem 'penologia', czy formalna klasyfikacja tej dziedziny wiedzy jako subdyscypliny kryminologii lub samodzielnej dyscypliny nauki prawa karnego. Dla nauki ważne jest wynikające z przyjętych rozwiązań podejmowanie lub nie w odpowiednim zakresie ważnych społecznie i naukowo tematów. Podobnie dla dydaktyki ważne jest takie zakreślenie ram przedmiotowych penologii, aby odpowiednio uzupełniała wiedzę dostarczaną w zakresie innych dyscyplin penalnych, takich jak nauki (dogmatyczne) prawa karnego, kryminologia, w tym szczególnie polityka kryminalna oraz penitencjarna. Sprowadzenie penologii do swoistego, pozornie erudycyjnego wstępu do właściwego, tzn. dogmatycznego wykładu prawa karnego, czy też krótkiego wprowadzenia społeczno-filozoficznego do rozważań z zakresu kryminologii i penitencjarystyki oznacza brak pogłębionych badań na temat kary kryminalnej jako zjawiska społecznego i problemu filozoficznego i nie przekazywanie w tym zakresie odpowiedniej wiedzy w ramach procesu dydaktycznego. W konsekwencji powstaje 'luka penologiczna' poważnie negatywnie określająca praktyczne możliwości rzetelnej diagnozy problemów związanych z funkcjonowaniem prawa karnego w systemie prawnym i społecznym. Ten stan rzeczy utrudnia korzystanie z pełnego dorobku nauk o człowieku, społeczeństwie i prawie w celu optymalnego na danym etapie rozwoju cywilizacyjnego zaprojektowania działań osób zaangażowanych w różne formy kontroli społecznej, w szczególności w ramach wymiaru sprawiedliwości w sprawach karnych.
Penologiczna teoria kary stanowić powinna, jak o tym pisali już Bronisław Wróblewski i Leszek Lernell, wprowadzenie do nauki polityki kryminalnej i nauk penitencjarnych. Ukazuje bowiem społeczno-kulturowe uwarunkowania i kontrowersyjne aksjologicznie podstawy oraz granice kary kryminalnej. Oznacza to, że dla ogólnego myślenia o kryminalizacji (i penalizacji), zasadach odpowiedzialności karnej, ogólnych zasadach wymierzania kar, a także podstaw teoretycznych ich wykonywania, penologia może dostarczać ważnych przesłanek, które stać się mogą podstawą bardziej szczegółowych rozstrzygnięć w polityce kryminalnej. Może pomóc w opracowaniu spójnego aksjologicznie i prakseologicznie systemu prawa karnego. Działania państwa w zakresie polityki kryminalnej i penitencjarnej bez takiej podstawy tracą spójność, co grozi zarówno osłabieniem skuteczności w zwalczaniu przestępczości jak i utratą legitymizmu politycznego i aksjologicznego podejmowanych działań.
Penologia może być traktowana jako pewien wyodrębniony zakres tematów interdyscyplinarnych badań naukowych kary (kryminalnej), w tym badań podstaw odpowiedzialności karnej oraz jako wyodrębnione na potrzeby dydaktyki przedmioty nauczania z zakresu penologii (teorii i filozofii kary, socjologii i antropologii kary, historii kary, ideologii instytucji penalnych etc.). Podstawowym przedmiotem zainteresowania penologii są więc różne formy organizacyjne instytucji społecznej kary kryminalnej w kontekście kultury i ogólnej organizacji społeczeństwa. Penologia stanowi z tej perspektywy podstawę teoretyczną badań ustalenia kary (instytucjonalizacji) w przepisach prawa i ich wykładni w toku stosowania prawa oraz badań szczegółowego wykonywania różnych form organizacyjnych kary, przede wszystkim różnych kar na wolności (jej pozbawienia i ścieśnienia) prowadzonych w ramach nauk penitencjarnych. Łączy więc badania podstaw filozoficznych, ideologicznych i kulturowych instytucji kary kryminalnej z badaniem jej rzeczywistych funkcji nie tylko w ramach polityki kryminalnej, ale także szerszych uwarunkowań społeczno-kulturowych, politycznych, gospodarczych i instytucjonalnych.
Nowoczesny charakter penologii polega na wykorzystywaniu dorobku różnych dyscyplin zarówno na użytek badań jak i dydaktyki. Penologia ma więc charakter interdyscyplinarny i inkluzywny, włącza różne wątki tematyczne i płaszczyzny badawcze do badania wieloaspektowego zagadnienia jakim jest kara kryminalna. Dominacja rozważań prawno karnych w penologii wynika nie tyle ze szczególnego naukowego znaczenia kwestii prawnych i szerzej penalnych w studiach penologicznych, co raczej z faktu, że skutki społeczne badań penologicznych, jak i kształcenie studentów z zakresu penologii wiążą się przede wszystkim z potrzebami wymiaru sprawiedliwości w sprawach karnych. To właśnie w prawie karnym i wymiarze sprawiedliwości w sprawach karnych są przede wszystkim odczuwane skutki społeczne badań i kształcenia w zakresie penologii, jak i, może częściej, skutki społeczne braku podstaw penologicznych działań wymiaru sprawiedliwości i braku wiedzy penologicznej wśród osób odpowiedzialnych za politykę kryminalną i penitencjarną państwa.

Kara kryminalna jest rozpatrywana w penologii jako instytucja społeczna. Pojęcie instytucji społecznej odnosi się do powtarzalnych, utrwalonych sposobów zachowania, wzorów, reguł i rytuałów. W innym znaczeniu określa się instytucję społeczną jako wyodrębniony typ działalności zaspokajającej określone potrzeby osób i zbiorowości. Przy takim jej rozumieniu, posługiwał się nim Bronisław Malinowski, wyróżniamy w instytucji społecznej zasadę naczelną, czyli zamiary i cele, które są podstawą jej racjonalizacji, normy i personel oraz urządzenia materialne, a także przejawy działalności i funkcje społeczne rozumiane jako jej uświadomione jak i nieuświadomione konsekwencje dla społeczeństwa. W tym drugim przypadku na jej pierwsze znaczenie nakłada się wtórne określające widoczną formę organizacyjną jaką instytucje społeczne mogą przyjmować na przykład w postaci konkretnych form organizacyjnych kary kryminalnej.
Instytucje społeczne przybierając określoną formę organizacyjną mogą być zaliczone do różnych typów, takich jak:

1. • Instytucje rodziny i pokrewieństwa regulujące przede wszystkim zasady biologicznej i kulturowej reprodukcji społeczeństwa w toku wychowania i opieki nad dziećmi;
2. • Instytucje polityczne regulujące stosunki władzy oraz wyznaczające polityczną organizację społeczeństwa i funkcjonowanie środków przymusu;
3. • Instytucje regulujące zasady stratyfikacji społecznej, określające dystrybucję społecznych pozycji i społecznych zasobów społeczeństwa;
4. • Instytucje ekonomiczne zajmujące się produkcją i dystrybucją dóbr;
5. • Instytucje wychowawcze i edukacyjne związane z religią, działalnością naukową i artystyczną, funkcjonowaniem środków masowego przekazu i uczestnictwem w kulturze wyższej.

Zgodnie z tą klasyfikacją można uznać, że w penologii oraz szerzej, we wszelkich studiach z zakresu wymiaru sprawiedliwości w sprawach karnych bada się przede wszystkim instytucje społeczne należące do typu drugiego i trzeciego, więc do instytucji typu politycznego regulujących stosunki władzy, organizację polityczną społeczeństwa i funkcjonowanie środków przymusu oraz instytucje regulujące zasady stratyfikacji społecznej, określające dystrybucję społecznych pozycji i społecznych zasobów społeczeństwa. Natomiast z punktu widzenia pedagogiki najważniejsze są instytucje społeczne związane z typem pierwszym i piątym, a więc z jednej strony instytucje rodziny i pokrewieństwa regulujące przede wszystkim zasady biologicznej i kulturowej reprodukcji społeczeństwa w toku wychowania i opieki nad dziećmi, z drugiej strony instytucje wychowawcze i edukacyjne związane z religią, działalnością naukową i artystyczną, funkcjonowaniem środków masowego przekazu i uczestnictwem w kulturze wyższej. Jest to dość ważna konstatacja, pozwala bowiem wskazać na istotną z perspektywy teoretycznej, ale mającą też głębokie skutki praktyczne wyjściową odmienność paradygmatyczną nauk z zakresu pedagogiki, w tym profilaktyki społecznej i resocjalizacji od penologii i szerzej prawa karnego oraz nauk kryminologicznych.
Wyraźnie widać, że w pedagogice i naukach penalnych mówi się często o zupełnie różnych kwestiach, także wtedy, gdy w sensie empirycznym, pozaspołecznym, związane są z tymi samymi zdarzeniami. Teoretyczne zarysowanie tej dystynkcji w ramach badań integralnokulturowych może być podstawą praktycznej integracji dorobku tych z gruntu odmiennych płaszczyzn badawczych. Taka integracja dorobku nauk o wychowaniu jest dla rozwoju studiów penologicznych ważna. Kara kryminalna w istotny sposób ma zaspokoić potrzeby osób i zbiorowości w zakresie poczucia ładu, bezpieczeństwa i sprawiedliwości. Może to robić w granicach wyznaczonych zasadą naczelną ustroju państwa określającą podstawy filozoficzne praw i wolności człowieka, a więc w granicach poszanowania godności człowieka. Wymaga to uwzględnienia w projektowaniu form organizacyjnych kary oraz przy ustalaniu jej wymiaru i sposobu wykonania wiedzy humanistycznej o człowieku, w tym o różnych możliwych humanitarnych metodach modyfikacji ludzkiego zachowania.
Kara kryminalna nigdy nie może być jednak mylona z karą w wychowaniu, co jest oczywiste, jeśli uwzględni się perspektywę badań integralnokulturowych. Kara w wychowaniu za punkt odniesienia ma przede wszystkim właśnie jednostkę (jej dobro), człowieka, który w wyniku oddziaływań (umiejętnie stosowanych bodźców awersyjnych) ma zmienić trwale postępowanie na dobre dla siebie i dla społeczeństwa. Natomiast kara kryminalna jest przede wszystkim stosowana ze względu na konieczność zapewnienia poczucia ładu, bezpieczeństwa i sprawiedliwości ogółowi społeczeństwa (dopiero wtórnie może uwzględniać dobro jednostki karanej jako członka społeczeństwa, ale nie jest to nigdy jej funkcją podstawową). Ta stwierdzona w badaniach integralnokulturowych odmienność kary kryminalnej od kary w wychowaniu nie przekreśla jednak związków pedagogiki i socjologii wychowania z penologią, tylko wyznacza im właściwy charakter, pozwala uniknąć błędów przesunięcia kategorialnego, czasami spotykanych w literaturze penitencjarnej. Zgodnie z przytoczonymi ustaleniami badań integralnokulturowych także w przypadku kary kryminalnej orzekanej w imieniu państwa musi być zachowana spójność aksjologiczna systemu prawa, co oznacza konieczność poszanowania godności karanej jednostki. Dlatego konieczne jest stałe badanie zgodności kary kryminalnej ze standardami humanitarnymi chroniącymi godność ludzką. I właśnie z tego względu wiedza z zakresu socjologii wychowania i pedagogiki może w znaczący sposób wpływać na ustalenia dotyczące zakresu przedmiotowego karania (penalizacji) i jego form, w szczególności wobec nieletnich i młodocianych. Jest powszechnie ważna dla określania kształtu form humanitarnego karania. Pomaga wyznaczyć granice, za którymi w świetle aktualnej wiedzy humanistycznej o człowieku i jego społecznym zachowaniu nie ma wystarczających podstaw stosowania określonych, w szczególności dolegliwych form oddziaływań.
Nie można naukowo stwierdzić, że jakikolwiek typ instytucji społecznej jest konieczny. Jak to wynika między innymi ze studiów Roberta K. Mertona niezbędne są określone funkcje jakie spełniają instytucje poszczególnych typów dzięki którym istnieje społeczeństwo, a nie konkretne instytucje i ich formy organizacyjne spełniające te funkcje, w tym na przykład formy organizacyjne kary kryminalnej. To stwierdzenie funkcjonalistów może być dobrą podstawą teoretyczną różnych nurtów myśli abolicjonistycznej postulującej w miarę możliwości likwidację systemu kar kryminalnych, lub przynajmniej kary pozbawienia wolności ze względu na jej sprzeczność z dobrem człowieka, brakiem poszanowania godności ludzkiej. Z perspektywy penologii integralnokulturowej wymaga to jednak od abolicjonistów odpowiedzi na pytanie jak zapewnić osobom i społecznościom poczucie ładu, sprawiedliwości i bezpieczeństwa bez odwoływania się do systemu kar kryminalnych? Do dyskusji na ten trudny temat, zdecydowanie przekraczającej ramy rozważań z zakresu nauki prawa karnego i kryminologii, powinni się włączyć humaniści, w tym szczególnie przedstawiciele pedagogiki i socjologii wychowania. Niezależnie od podstawowego znaczenia nauk pedagogicznych (pedagogiki resocjalizacyjnej i penitencjarnej) dla nauk penitencjarnych, pedagogika społeczna i socjologia wychowania powinny brać udział w penologicznej debacie na temat najogólniejszych podstaw karania. Wiąże się ona ściśle z myślą o całym systemie społecznym i wartościach jakie mają być przekazywane młodemu pokoleniu oraz z refleksją nad metodami jakie uznajemy za godne, czy przynajmniej dopuszczalne dla ich promocji i ochrony. W debacie tej rozważa się metody, które mogą być stosowane w ramach różnych form organizacyjnych kary kryminalnej. Dyskusja taka służy też refleksji na temat metod kontroli społecznej odmiennych od kary kryminalnej. Może dotyczyć środków alternatywnych związanych z różnymi, w tym nierepresyjnymi formami kontroli stosowanymi w całej organizacji społecznej (profilaktyka społeczna) oraz podobnych do nich aksjologicznie alternatywnych form rozwiązywania konfliktów społecznych w ramach wymiaru sprawiedliwości karnej, jak na przykład sprawiedliwości naprawczej oraz mediacji.